下列属于商标注册申请实质审查的事项包括哪些？

商标注册申请实质审查的事项包括：

A. 是否属于不以使用为目的的恶意商标注册申请：这是《商标法》第4条的内容，属于禁止性规定的审查。

B. 申请注册的三维标志是否属于仅由商品自身的性质产生的形状：这涉及到《商标法》第12条关于三维标志的规定，也是实质审查的一部分。

E. 申请注册的商标是否属于县级以上行政区划的地名：这属于《商标法》第10条规定的不得作为商标使用的标志之一，也是实质审查的内容。

而对于选项C“是否属于代表人未经授权，以自己的名义申请注册被代表人的商标”和选项D“是否属于申请注册他人在先使用并有一定影响的标志”，这两点更多地涉及到商标权利归属和商标使用在先原则的问题，属于商标注册流程中的其他环节，而非实质审查的内容。因此，选项C和D不属于商标注册申请实质审查的事项。