甲公司于2020年6月由乙公司和丙公司共同出资设立，注册资本为200万元。乙公司投入设备作为资本，该设备原价为84万元，已折旧24.93万元，经协商确认的价值为65万元，投资日的公允价值为60万元。乙公司占甲公司注册资本的20%。不考虑相关税费，甲公司应确认的来自乙公司的实收资本为多少？

甲公司由于乙公司设备投资而应确认的实收资本应当按照投资合同或协议约定的价值确定。但在这个例子中，投资合同或协议约定的价值并不公允，因此应当按照公允价值入账。根据题目给出的信息，设备的公允价值为60万元。乙公司占甲公司注册资本的20%，所以甲公司由于乙公司设备投资而应确认的实收资本为40万元（60万元 * 20%）。因此，答案为A。