关于ABC会计师事务所的A注册会计师对甲公司2017年度财务报表审计工作的相关问题。

第一问，根据审计工作底稿准则，审计工作底稿归档应在审计报告日后60天内完成。本案例中，审计业务完成是在2月15日，而A注册会计师在5月15日才将审计工作底稿归整为最终审计档案，超过了规定的期限，因此存在问题。

第二问，在审计工作底稿归档后，对审计工作底稿的修改是需要谨慎处理的。一般情况下，归档后的审计工作底稿不应被修改。如果必须修改，必须按照规定的程序进行，记录修改的时间、人员、复核人员以及修改的理由。本案例中，A注册会计师私下修改审计工作底稿，没有遵循规定的程序，因此存在问题。

第三问，根据审计工作底稿准则和会计师事务所质量控制准则，审计工作底稿应自审计报告日起至少保存十年。ABC会计事务所在保存审计工作底稿方面存在问题，因为A注册会计师销毁了甲公司的审计工作底稿，这违反了保存期限的规定。对于审计工作底稿的控制程序，会计师事务所应实施以下程序：确保工作底稿的安全保管和保密、保证工作底稿的完整性、便于使用和检索工作底稿、以及按照规定的期限保存工作底稿。