由于以下哪些原因，审计的固有限制增加了注册会计师发现关联方及其交易的重大错报的难度？

由于管理层可能未能识别出所有关联方关系及其交易，特别是在适用的财务报告编制基础没有对关联方作出规定时，以及关联方关系可能为管理层的串通舞弊、隐瞒或操纵行为提供更多机会，这两个原因增加了注册会计师发现关联方及其交易的重大错报的难度。而选项C和D虽然与关联方及其交易相关，但它们更多地描述了管理层在关联方及其交易方面的可能的错报形式和关联方及其交易如何导致重大错报，并不是直接增加注册会计师发现重大错报难度的原因。因此，正确答案应为A和B。