关于内部控制审计，下列说法正确的是？

关于内部控制审计的说法，解析如下：

• 选项A：如果被审计单位在基准日后对存在缺陷的控制进行了整改，整改后的控制需要运行足够长的时间，注册会计师才能得出其是否有效的审计结论。因此，A选项错误。
• 选项B：注册会计师在确定整改后控制运行的最短期间时，需要根据控制的性质和控制相关的风险进行合理判断。因此，B选项错误。
• 选项C：仅仅因为被审计单位在基准日前对存在重大缺陷的内部控制进行了整改，并不能直接得出该内部控制有效的审计结论，还需要考虑新控制运行的时间等因素。因此，C选项错误。
• 选项D：如果被审计单位在基准日前对存在重大缺陷的内部控制进行了整改，但新控制尚未运行足够长的时间，注册会计师应当将其视为内部控制在基准日存在重大缺陷。这一说法是正确的。

综上所述，正确答案是D。