不能作为该患者急性肾盂肾炎诊断依据的是

急性肾盂肾炎的诊断依据主要包括发热、腹痛、尿路刺激症状、尿液浑浊和白细胞管型等临床表现，以及尿液细菌学检查阳性等实验室证据。选项A体温38.3℃是发热的表现，选项B白细胞计数和中性粒细胞百分比的升高是炎症反应的指标，选项D腰痛、尿痛是常见的尿路刺激症状，选项E尿培养示屎肠球菌阳性说明存在细菌感染。而选项C肾小球滤过率49.72mI/min不能作为急性肾盂肾炎的直接诊断依据，因为肾小球滤过率的变化可能与多种肾脏疾病有关，需要进一步的检查和评估。因此，本题答案为C。