根据党中央、国务院关于加快社会信用体系建设的要求，充分运用监管手段，发挥各级药品监督管理部门在药品市场信用体系建设中的推动、规范、监督、服务作用，引导并推动药品市场信用体系建设健康发展，国家对药品、医疗器械实行药品安全信用分类管理的机构包括

根据党中央、国务院关于加快社会信用体系建设的要求，国家对药品、医疗器械的生产、经营企业和研制单位实行药品安全信用分类管理。因此，本题中涉及的机构包括医疗器械生产企业、医疗器械经营企业以及药品研制单位，即选项A、B、C是正确的。而医疗机构主要由卫生健康主管部门管理，并不属于药品安全信用分类管理的机构，因此选项D是不正确的。