医疗机构炮制中药饮片应当备案而未备案的，应该采取哪些措施？

根据参考答案中的描述，医疗机构炮制中药饮片应当备案而未备案的，应采取的措施包括：由中医药主管部门和药品监督管理部门按照各自职责分工责令改正，没收违法所得，并处3万元以下罚款。因此，选项A、B和C都是正确的措施。而关于直接责任人员的处罚是拒不改正的情况下，责令停止炮制中药饮片活动，其直接责任人员5年内不得从事中医药相关活动，而非题目中的10年。因此，选项D是错误的。