根据下列部门的主要职责，配合相关部门进一步加强互联网药品广告管理，大力整治网上虚假违法违规信息，依法查处发布虚假违法广告信息等的违法违规网站的部门是

根据部门的主要职责，互联网药品广告管理以及网上虚假违法违规信息的整治工作，主要由互联网信息管理部门负责。其他部门如市场监督管理部门、商务部门和公安部门也有相关的职责，但在互联网广告管理和虚假违法信息整治方面，互联网信息管理部门的职责更为直接和专门。因此，配合相关部门进一步加强互联网药品广告管理，大力整治网上虚假违法违规信息，依法查处发布虚假违法广告信息等违法违规网站的部门是互联网信息管理部门。