There __ some books and a pen on the desk.

题干中的句子为There be句型，表示"有"的意思。句子中的主语为"some books and a pen"，其中books为复数形式，而pen为单数形式。根据语法规则，There be句型中谓语动词应与离它最近的名词或代词在人称和数方面保持一致，因此谓语动词应与复数形式的books保持一致，所以应使用are。因此，正确答案为B。