某信息应用系统项目验收阶段，承建单位提交验收申请时，提供了下列项目相关资料。监理工程师检查（49）不合格，审核未通过。

根据给出的资料，承建单位在提交验收申请时，需要提供的资料包括承建单位与各方签订的信息系统工程建设合同、用户使用说明书、初验报告和试运行报告、设计、施工图纸以及设计方案论证意见等。其中，用户使用说明书是信息应用系统中涉及的重要资料之一。因此，在监理工程师检查中，如果用户使用说明书不合格，审核未通过的原因可能是用户使用说明书的编写不符合要求或者内容不完整等。所以，答案为B。