在验收阶段，监理工程师可以建议建设单位以（41）作为启动试运行的依据。

在验收阶段，监理工程师建议建设单位以初验合格报告作为启动试运行的依据。这是因为初验合格报告是对工程阶段性成果的确认，表明工程已经达到了一定的标准，可以开始进行试运行。其他选项中，终验合格报告是对整个工程完成后的全面检验，到货验收报告只针对设备或材料的验收，产品测试报告则是针对产品的性能进行测试的报告，均不符合启动试运行的依据要求。因此，正确答案是A。