某二层甲醇合成厂房在设计方面存在不符合规范之处，请判断哪些选项不符合相关规范？

根据题目描述和相关的规范要求，对于某2层甲醇合成厂房的多个选项进行解析：

A选项，厂房采用砖混结构。根据《建筑设计防火规范》GB 50016—2014(2018年版)的相关规定，有爆炸危险的甲、乙类厂房宜独立设置，并宜采用敞开或半敞开式，其承重结构宜采用钢筋混凝土或钢框架、排架结构。多层甲类厂房应不低于二级耐火等级。因此，A选项不符合规范要求。

B选项，封闭楼梯间设门斗，门斗上的甲级防火门与楼梯间的疏散门错位布置。根据同一规范中的规定，有爆炸危险区域内的楼梯间、室外楼梯或有爆炸危险的区域与相邻区域连通处，应设置门斗等防护措施。门斗的隔墙应为耐火极限不应低于2.00h的防火隔墙，门应采用甲级防火门并应与楼梯间的门错位设置。因此，B选项是正确的。

C选项，厂房内不同方向接地干线有两处与接地体相连。根据《爆炸危险环境电力装置设计规范》GB 50058—2014的规定，爆炸性环境内设备的保护接地在爆炸危险区域不同方向，接地干线应不少于两处与接地体连接。因此，C选项不符合规范要求。

D选项，厂房的分控制室贴邻外墙设置，采用耐火极限不低于3.00h的防火隔墙分隔。根据规范规定，有爆炸危险的甲、乙类厂房的分控制室宜独立设置，当贴邻外墙设置时，应采用耐火极限不低于3.00h的防火隔墙与其他部位分隔。因此，D选项是正确的。

E选项，车间设置独立地沟与下水道相通，并设置了水封设施。根据《建筑防火通用规范》GB 55037-2022的规定，使用和生产甲、乙、丙类液体的场所中，管、沟不应与相邻建筑或场所的管、沟相通，下水道应采取防止含可燃液体的污水流入的措施。因此，E选项不符合规范要求。

综上所述，不符合规范要求的选项是A、C、E。