关于消防安全技术综合能力的问题

参照给出的解析，我们可以得出以下结论：

A选项关于消防水泵投入正常运行时间为60秒，这是错误的。根据《消防给水及消火栓系统技术规范》，以备用泵切换启动消防水泵时，消防水泵应在2分钟内投入正常运行。因此，A选项是错误的。

B选项描述了联动控制器与高位消防水箱的消火栓出水干管的流量开关之间的关系，根据《火灾自动报警系统设计规范》，流量开关的信号可以触发消火栓泵的启动，且不受联动控制器处于自动或手动状态的影响。因此，B选项是正确的。

C选项关于消防水泵启动后不能自动停止运行，这是正确的。根据《消防设施通用规范》消防水泵应确保在火灾时能及时启动，停泵应由人工控制，不应自动停泵。

D选项关于消防水泵吸水管上的控制阀采用暗杆闸阀且没有开启刻度和标志，这是错误的。根据规范，消防水泵的吸水管上应设置明杆闸阀或带自锁装置的蝶阀，如果设置暗杆阀门，应设有开启刻度和标志。

E选项关于高位消防水箱的有效容积，根据规范，对于总建筑面积大于30000㎡的商店，高位消防水箱的有效容积不应小于50m³，所以E选项的描述是错误的。

综上，正确的答案是B、D、E。