承包人的进度款支付申请应包括的内容有（）。

承包人的进度款支付申请应包括的内容有：

1. 累计已完成的合同价款：表示承包工程到目前为止完成的总量，是评估工程进度和计算应付款项的基础。
2. 本期合计完成的合同价款：这部分详细说明了本期（如一个月或一个阶段）内完成的工程内容和相应的合同价款，包括单价项目的金额、总价项目的金额、计日工价款等。
3. 本周期实际应支付的合同价款：考虑到预付款、扣款和已支付款项等因素，计算出的本期实际应支付的金额。

选项A的“累计已完成的合同价款”，选项C的“累计已实际支付的合同价款”，以及选项D的“本期合计完成的合同价款”都是承包人进度款支付申请应包括的内容。而选项B的“累计已扣减的合同价款”并不完整描述支付申请的内容，因为没有提到应增加的金额等其他可能的情况。选项E的“本期施工计划完成情况表”并未在解析中提及作为支付申请的内容。因此，正确答案应为A、C、D。