在工程项目施工中遇到的不利的物质条件包括哪些？

在工程项目施工中遇到的不利的物质条件包括不可预见的自然物质条件和非自然的物质障碍和污染物。选项A中的“非自然的物质障碍和污染物”和选项E中的“不可预见的自然物质条件”均符合这一描述。而选项B“国家政策、法律、法令的变更”并不属于物质条件的范畴，选项C“水灾”和D“海啸”虽然属于自然灾害，但如果可以预见，则不属于不利的物质条件。因此，正确答案是AE。