根据《标准施工招标文件》中的通用合同条款，可列入施工进度付款证书的内容有（）。

根据《标准施工招标文件》中的通用合同条款，可列入施工进度付款证书的内容包括：

A. 按合同约定截至本次付款周期末已实施工程的价款：这是进度付款申请单中的基础内容之一，表示截至当前阶段已经完成工作的价值。

B. 按合同约定应增加的变更金额：变更金额是施工过程中可能发生的工程变更的价值，会反映在进度付款申请单中。

D. 按合同约定应支付的预付款和扣还预付款：预付款是用于启动工程或支付早期阶段的费用，其支付和扣还情况会出现在进度付款证书中。

E. 按合同约定应扣减的质量保证金：质量保证金是从工程进度款中按照合同约定的比例扣留，用于保证工程质量的资金，也会列入进度付款证书。

而选项C“按合同约定已确认质量不符合要求项的工程价款”并没有在通用合同条款中明确列为进度付款证书的内容。因此，正确的答案选项是ABDE。