采用平行承包模式时，工程造价控制难度大的主要原因有（）。

采用平行承包模式时，工程造价控制难度大的主要原因包括工程总造价不易确定、需要控制多项合同价格以及工程施工中设计变更较多。具体分析如下：

1. 工程总造价不易确定：由于平行承包模式涉及多个承包单位，每个承包单位负责不同的工程部分，这使得整体工程的造价难以统一确定，增加了工程造价控制的难度。
2. 需要控制多项合同价格：在平行承包模式下，建设单位需要在更广范围内选择施工单位，这意味着需要进行多次招标和合同签订，需要控制多项合同价格，从而增加了工程造价控制的复杂性。
3. 工程施工中设计变更较多：平行承包模式施工过程中，由于各个承包单位的工作界面存在相互干扰，可能导致设计变更和修改较多，进而导致工程造价的增加。

综上所述，选项C、D、E是正确的。